Printemps 1789. L'immense Empire ottoman déverse sa puissante armée devant Paliokastro, petite citadelle perchée sur une montagne d'Epire qui, isolée et protégée par ses remparts, refuse depuis des siècles de se soumettre à l'occupant turc. Or, le siège qu'entreprend Sélim pacha, commandant en chef des forces ottomanes, n'a pas pour objectif l'assujettissement de la ville à l'autorité du sultan. Les ordres de la Sublime Porte sont formels: détruire Paliokastro jusqu'à la dernière pierre, exterminer ses habitants, faire disparaître jusqu'à son cimetière - bref, effacer toute trace de son existence et de son histoire.
Quel redoutable danger l'humble citadelle représente-t-elle donc pour un si puissant empire?
Plus de deux siècles plus tard, le narrateur mène l'enquête; il interroge les moines d'un monastère de la région, consulte de précieux manuscrits dans la bibliothèque. Griffonnée dans les marges d'un vieil évangile, la chronique d'Isidore, ancien bibliothécaire du monastère, surgit peu à peu du passé comme un implacable réquisitoire contre l'agresseur. Du fond de l'histoire d'autres voix s'élèvent, racontent, accusent: celle du capétan Békas et de Photis l'instituteur, ces irréductibles de la liberté; celle d'Irini, la vieille guérisseuse, et des femmes de Paliokastro, vigilantes gardiennes de la mémoire de tout un peuple _ mais aussi celle de Mélétios, l'actuel bibliothécaire du monastère, dernière sentinelle d'un souterrain qui renferme de troublants secrets...