近年，国内外で様々な感染症が発生している。感染症は地球規模でとらえるべき環境問題であるとともに，社会問題でもある。感染症は病原生物・宿主・環境が複雑に関係しあっておきる。したがって，感染症を予防し拡大を防ぐためには、診断と治療に役立てる従来の病理学的知見はもとより，病原生物と宿主と環境との相互作用を解明する生態学的知見が不可欠である。
自然環境中の病原生物をどのように検出・定量したらよいのか? 潜伏感染期間の体内でなにがおきているのか? 病原遺伝子はどのようにして広まるのか? 病原生物と宿主と環境要因のどのような相互作用が感染症をひきおこすのか，あるいは制御するのか? ヒトのインフルエンザをある一定期間内に終焉させるためにはどのようなタイミングでワクチンを投与すればよいのか? 効果的な感染症の対策はどのようにしたらよいのか? ヒトはこれから感染症とどのようにつき合っていけばよいのか? 病原生物の生態系における役割は何か? これらの様々な問題に答えるヒントが，感染の分子レベルから病原生物・宿主・環境との相互作用までを幅広く扱った本書から見えてくる。本書の生態学的考え方にもとづいた感染症の理解は，感染症がもたらす社会問題を考えるための基礎となるであろう。
本書がきっかけとなり，従来にはなかった新しい生態学の分野が切り開かれていくことを期待している。
１部 基礎知識
第1章 微生物の多様性・系統分類・検出方法（山口進康・那須正夫）
第2章 病原生物の生活史と宿主：ウイルスと細菌（北村真一）
第3章 病原生物の生活史と宿主：寄生虫（浦部美佐子）
第4章 感染症の発症メカニズム（源 利文）
第5章 感染のダイナミクス：伝播と免疫（梯 正之）
２部 感染症の生態学的機能と進化
第6章 病原生物と宿主の種間相互作用（佐藤拓哉・鏡味麻衣子）
第7章 病原生物の食物網・物質循環における機能（鏡味麻衣子・佐藤拓哉）
第8章 病原遺伝子の水平伝播（谷佳津治）
第9章 侵入生物としての病原生物（五箇公一）
第10章 病原生物と宿主の進化（加茂将史・佐々木顕）
３部 感染症事例
第11章 藻類の感染症（外丸裕司）
第12章 野生植物の感染症（佐橋憲生・田中千尋）
第13章 マツ材線虫病（二井一禎）
第14章 ナラ枯れ病（伊藤進一郎）
第15章 栽培植物の感染症（水本祐之）
